成祖的生母是谁，一直存在着争议，至今学术界未有定论。朱棣出生之时，正值天下大乱，群雄并起之际。朱元璋尚未建立明朝，而是忙于争夺天下，当时尚无朱棣生母的争论。等到朱棣夺位以后，关于他的生母是谁的问题突然敏感起来。自永乐时期以来，各种官方史书和野史上都对成祖生母问题有所记载和猜测。上个世纪以来，李晋华、傅斯年、朱希祖、吴晗“大明永乐年施”款铜鎏金佛像等一批知名学者都对这个问题进行了翔实的研究，就连陈寅恪这样的学术大家也对这个问题怀有兴趣，并给傅斯年提供相关史料。可见，成祖生母问题并不是一个无关紧要的问题。对于实行嫡长子皇位继承制的明朝来说，这关系到嫡庶问题，并进而关系到帝位的合法性问题。对于后世的人们而言，明白这个问题，也就多少会对明初的政治情势有所了解。总起来看，关于成祖生母问题的说法主要有三种：马皇后说。明成祖朱棣自称是孝慈高皇后（即马皇后）所生。马皇后，凤阳宿县（今安徽宿县）人，濠州红巾军郭子兴养女。至正十二年（1352）郭子兴将其许配给部将朱元璋。当年朱元璋受到了郭子兴的猜忌，马氏多次从中调解周旋。明朝建立后，朱元璋册封她为皇后，对她十分信赖，多次听从她的意见宽免大臣过错，因此有人将她与历史上的贤后唐代长孙皇后相提并论。《太祖实录》和《太宗实录》都说朱棣为马皇后所生，后来的史籍如《明史》等正史多因循这种说法。但是除朱棣外，马皇后亲生皇子都有谁，又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，马上让人编了一部叫《奉天靖难记》的书，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子：“今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。”还有一种说法认为马皇后只亲生燕王，周王，懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为成祖朱棣所修（成祖为了抹杀自己即位前的真实事实，曾两次改修《太祖实录》，删减篡改之处甚多），《太宗实录》为宣宗所修北京觉生寺永乐大钟，其中自然也有粉饰的成分，当然宣称朱棣为马皇后的嫡子。另外还有人认为马皇后根本就没有皇子，这几个都不是她亲生的，只不过是抱过来抚养成人而已。妃说。成祖为马皇后所生的说法到了明中后期就受到了质疑，而妃说浮出水面。有人认为妃是高丽人，也有人称她是元顺帝的妃子，抑或是高丽人而成了元顺帝妃子，不得而知。
这种说法的直接证据是《太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀礼乐的机构，皇家宗庙的祭祀就由其负责。《太常寺志》对孝陵（即太祖朱元璋的陵寝）神位的记载如下：左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王。右一位妃，生成祖文皇帝。太常寺是皇家机构，这样严肃的问题不应该胡乱记载，可惜这本书没有流传下来。明代文人对这种资料将信将疑，但还是觉得有合理的地方，万历时期的文人何乔远就持这种观点，“臣于南京见《太常寺志》，云帝（明成祖）为妃所生，而玉牒则为高后第四子。玉牒出当日史臣所纂，既无可疑。南（京）太常职掌相沿，又未知其据。臣谨备载之，以俟后人博考”。明末清初的钱谦益和李清见到这样的记载也无法判断孰是孰非。钱谦益当时是南明弘光朝的礼部尚书，李清曾任大理寺左丞，二人利用职务之便，于弘光元年元旦利用祭祀孝陵的时机，悄然打开孝陵寝殿，“入视果然，乃信”。还有一个证据。朱棣在即位之后，在南京天禧寺的旧址上翻盖新寺，取名大报恩寺，是为了报答马皇后的养育之恩。然而令人不解的是，寺中正殿的大门经常紧闭，外人无法看见里面元顺帝像的情况，有传闻里面供奉的其实是成祖生母妃。还有的学者考证当年建文帝之所以先削周王，是因为周王与朱棣是同母所生，故削周王而去燕王羽翼。周王与朱棣的母亲不是马皇后，而有可能就是妃。元主妃洪吉喇氏说。社会上更加流行的却是另外一种说法，即成祖生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元顺帝的第三福晋，是太师洪吉喇特托克托的女儿。元顺帝败，朱元璋入大都（今北京）见洪吉喇氏貌美，就留在身边。然而她入明宫时就已经怀孕，所生的就是明成祖朱棣，所以朱棣即元顺帝的遗腹子。其实这只是民间的传说而已。徐达攻陷大都是至正二十八年（1368），而朱棣生于至正二十年（1360），两者相差达8年之久。这种情况可能由于朱元璋刑罚过严、朱棣杀戮过重，从而导致民情激愤，因而编造谣言以发泄胸中的不满情绪，以至于以讹传讹。还有其他一些说法，比如说成祖是达妃所生，或元主妃不是洪吉喇氏而是翁氏，等等，但都影响不大。实际上，争论的焦点是成祖到底是嫡出还是庶出？以上看法都可以归纳到这个问题上来。朱棣非马皇后亲生而生母为妃的说法，经过明史专家李晋华、吴晗等人的精细考证，已为大多数学者所接受。在这里，可以提供一条可以佐证成祖庶出说的史料。成祖即位以后，禁止一切有关其夺位的史料，但他左右不了国外的史籍，而这条史料恰恰出自邻国朝鲜，其真实性是可以信赖的。洪武二十二年，朝鲜使臣权近一行曾在北平拜谒燕王，权氏著有《奉使录》记其事，其中有诗题云：
到燕台驿，进见燕府。先诣典仪所。所官入启，以是日先太后忌日，不受礼。命奉嗣叶鸿伴接到馆。七月十五日也。此处“先太后”当是从汉制之称诸侯王母，显然指燕王自己的生母。诗题中明言太后忌日在七月十五日，而高皇后马氏的忌日在八月初十，显然不合。洪武二十二年，还不存在嫡庶之差别问题，故燕王即使对外国人也不遮掩其真实生母身份。所以，成祖非马氏所出无可怀疑。那么，朱棣为何一再强调自己是嫡出呢？这是因为明朝的皇位继承制为嫡长子继承制，只有嫡子继承皇位才是深孚人心的，否则会危及皇权的稳定。特别是是朱棣通过靖难之役，将建文帝赶下台后取而代之，更恐难以服众。他担心后人说他篡权，所以才千方百计强调自己嫡出的身份。这种此地无银三百两的伎俩，是不足为怪的。
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