郑樵一生专心著述，据统计达84种，但大部分已佚亡。今存仅《通志》、《夹?遗稿》、《尔雅注》、《诗辨妄》及一些零散遗文。其《通志》为一部巨著，共 200卷，分传、谱、略3部分。20略共52卷，是全书精华。其中的《校雠略》和《艺文略》是研究中国目录学、校雠学的重要文献。在《校雠略》中，他从理论上阐明了图书采访、类例、著录、注释的观点。在《艺文略》中，他突破前人所用的四分、五分、六分、七分、九分等文献分类方法，创立了12类、100家、432种的分类体系，著录10912部、110972卷图书，力图全面、系统地反映当时的文献存亡情况，超越了前人，取得很大成就。
郑樵的学术思想主要是"会通"、"求是"和"创新"。主张修书要据"仲尼、司马迁会通之法"。不赞成编写"后代与前代之事不相因依"的断代史。他重视实践的经验，反对"空言著书"，认为有许多东西是书本上没有的。他批评许多学者"只知泥古而不知有今，只知拘守而不知变化"，陈陈相因，缺乏创见。认为"诗书可信，然不必字字可信"。
往事略集
郑樵生于北宋徽宗三年（公元1104年），他出身书香门第，从小就受到家庭较好的影响和教育，他的先世原是晋代中原南迁的望族，高祖郑冲、曾祖郑子堂、祖父郑宰（熙宁三年的进士）、父郑国器（政和年间的太学生），都是读书和做过小官的。郑樵是唐五官中郎将郑庄的后裔，当年郑庄曾与兄长郑露和乃弟郑淑入莆倡学，是开发莆田文化的有功之人。郑樵的家乡虽然处在万山之中的莆田广业里山区，但他从小就立下要读尽古今书，要精通《六经》和诸子百家学术的宏伟抱负。当他刚长到16岁时，他的父亲就不幸去世了。自此之后，郑樵一直过着清贫的生活。为了克服家贫无书读的困难，他就和从兄郑厚一起背上包袱，向四方藏书人家求借书读。
郑樵在求学时，不仅仅是学习书本上的知识，而且把眼光开放到自然界各种动植物。他经常深入山间田野，拜农夫为师，从而得到了许多实际学问。他认为作为一个知识分子，不但要研究书本上的学问，更重要的是要研究天地间的各种科学知识，并勇敢地向社会提出了学习自然科学知识与学习儒家经典知识一样重要的号召。
年轻时代的郑樵，在刻苦追求学问的同时，还十分热爱自己的国家。靖康元年（1126年），当郑樵看到宋朝由于受到北方强敌金兵的侵犯，国家处于空前的危难，他就立即和郑厚一起联名向朝廷当权者上书，陈述自己兄弟俩的抗金志向和报国才能，并自信一旦得到朝廷起用，就能使国家转危为安。但由于种种原因，他的愿望一直得不到朝廷重视。尽管如此，郑樵的抗金爱国思想，一直贯穿到他生命的最后一刻。
南宋绍兴元年（1131年），由于宋高宗畏敌如虎，南宋的半壁江山依然处在动荡不安之中。这时，郑厚在悲观失望的同时，下山参加科举，继之走上了坎坷的仕途。而郑樵则认为如此昏暗不明的仕途，会埋没自己的读书志向，因此他不愿下山应试。由于北方金兵在攻破北宋京都时抢走了宋朝廷的三馆四库图书，所以郑樵决心以布衣学者的身份，在夹?山为南宋朝廷著一部集天下书为一书的大《通史》。这时，郑樵还是一个二十七、八岁的青年。
由于当时朝廷不允许私人修史，所以郑樵著《通志》有三个大困难：一是如果得不到朝廷的同意，他就不能私自修史，否则就要受到官方的打击；二是如果没有得到朝廷提供的充足参考史料和充足的纸张笔墨，这部书就很难成功；三是如果没有得到比当年司马迁更为雅博的学问，这部史学巨著就难以写好。为了得到著《通史》所需学问，郑樵再次背起包袱，独自一个前往东南各地求借书读。经过三年的努力，郑樵在三十刚出头的时候，就读遍东南各地藏书。当时有人称颂他说"惟有莆阳郑夹?，读尽天下八分书"。
当郑樵得到著《通史》所需学问后，就把书房搬到了夹?山中的芗林寺，开始了他漫长的修史著书生涯。为了求得朝廷的支持，他著出了一部又一部的新书，并把这些新书寄给朝廷礼部。绍兴八年（1138年），郑樵在《上方礼部书》中，明确地向朝廷提出了自己著《通史》的愿望。这时，郑樵的渊博学问和远大抱负得到抗金派宰相赵鼎、张浚等人的重视。然而，也就在这时，由于宋高宗重用投降派首领秦桧为宰相，所以赵鼎等人很快被秦桧排斥出朝廷，并严加迫害。而秦桧自绍兴九年（1139年）当宰相起，一直当到绍兴二十五年（1155年）。在这长达16年的漫长时间中，秦桧不但不支持郑樵著《通史》，反而接连三次下禁令严禁私人修史和著述，违者以"擅修国史"罪论处。在这种残酷的政治环境中，郑樵所遭受的危险，可想而知。
绍兴十八年（1148年），年已44岁的郑樵遭受一个又一个厄运的打击，先是他的胞弟郑?不幸早亡，继之他的幼儿郑惕和妻子陈氏相继死去，就在郑樵沉浸在巨大的精神打击时，秦桧又下了一道严禁私人修史和著述的禁令。这道禁令终于激怒了郑樵，于是他在这一年的冬天，毅然背起又著成的140卷新书，徒步走到南宋京都杭州，他要直接把新书献给皇帝，请求皇帝准许他继续著述。然而，由于秦桧的阻挠，所以尽管郑樵在杭州苦苦等待了一年时间，依然见不到皇帝，也得不到朝廷准许他续著的公文。郑樵见自己著《通志》的路已被朝廷当权者堵死，悲愤不已，但也无可奈何。为了能把自己平生研究的学问传给后人，郑樵在回归山林之日起，就把书房搬迁到远离人烟的夹?山主峰侧的高山虚谷中，并在夹?草堂开始著述一部远避宋朝国史三百年的史学巨著《通志》。他要把自己心中的全部愤懑，倾注于《通志》之中。
经过数年的艰苦劳动，郑樵终于在54岁那年，初步写出了这部长达200卷、600多万字的史学巨著《通志》初稿。就在他为无钱买文房四宝抄正《通志》成书而发愁时，所幸有抗金派官员王纶、贺允中、汪应辰等人举荐，郑樵才得以入京受到宋高宗的召对。在召对时，郑樵见皇帝也欣赏自己的学术，就当场提出要求皇帝允许他归山著述《通志》，以便早日把《通志》献给朝廷。由于高宗不能体会郑樵的一番苦心，硬是把他留在朝廷担任一个管理文书档案的小官。
就在这时，由于郑樵的学术批判和科学精神，得罪了朝中的许多学士大夫，因此他们不愿意看到山林穷儒出身的郑樵也在朝中为官，于是当即有御史叶义问出面以莫须有的罪名弹劾郑樵，昏庸的宋高宗不分青红皂白，竟批准了叶义问的弹劾，让郑樵以监潭州南岳庙的祠官回夹?山抄正《通志》。
郑樵对自己无辜受罪是痛恨于心的。但为了《通志》，强忍人间奇辱，依然以一人之力，在高山虚谷中发愤述作。到了绍兴三十一年（1161年），58岁的郑樵终于完成这部划时代的史学巨著《通志》的著作。这一年的夏天，当郑樵把这部倾注他毕生心血的巨著送到杭州时，宋高宗由于战事无暇顾及接收《通志》上殿，便让郑樵在朝廷担任枢密院编修官。一生不愿在朝廷为官的郑樵，因见这个官职可以使自己得以方便在朝中读到许多至今尚未读到的图书，于是便欣然接受皇帝所封之官，随之不顾自己年老体衰，又一头钻进书山学海。然而，使郑樵万万没有想到的悲剧又发生了，由于朝中学士大夫嫉恨郑樵的高明学术，他们害怕《通志》流传于世，于是他们就照搬叶义问诬陷郑樵的卑劣手段，联名上疏弹劾郑樵。这一次高宗没有罢去郑樵的官职，但他很快终止了郑樵到三馆借书读的方便，同时也不愿为郑樵分清是非。郑樵见自己一生清白到头来仍要遭受如此不白之冤，忍愤不过，当即病倒在床，随之蒙冤而逝，年仅59岁，时为绍兴三十二年（1162年）三月初七日。
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