历史明置奴儿干都司管辖。清初，主要为鄂温克、鄂伦春、达呼尔等诸部散居。康熙二十二年(1683)为抗击沙俄，始设镇守黑龙江等处将军。初治江左瑷珲旧城(后移江右新城)，故又称瑷珲将军。管辖原吉林将军所属亨滚河上游哈达乌拉河、黑龙江左岸毕占河、东流松花江以西和尼布楚以东广大地区。将军下设副都统，初置一员，名瑷珲副都统，又称黑龙江副都统，与将军同驻江左瑷珲旧城。康熙二十五年，以“居江左，来往公文，一切诸多不便”，与将军衙门一起移居江右新城（又名“黑龙江城”）。二十九年将军驻所移居墨尔根（今嫩江县城）；三十八年复移驻齐齐哈尔城。时中俄《尼布楚条约》已签订，故辖境有变更：以齐齐哈尔为中心,北至外兴安岭,接俄罗斯界；东以哈达乌拉河、南以松花江接吉林将军界；西八百余里至喀尔喀河，接喀尔喀蒙古车臣□部界；西北以额尔古纳河格尔必齐河与俄罗斯为界。据《大清一统志》载：瑷珲副都统辖区，“东至外兴安岭兴安河二千六百里,西至内兴安岭一百五十里,南至内兴安岭（今小兴安岭）喀穆尼峰七百里，北至外兴安岭二千五百里”。墨尔根副都统管辖北至伊拉古尔山（伊勒呼里）,南至纳穆尔河和西南至诺敏河等地方,驻墨尔根。齐齐哈尔城副都统，康熙三十七年由墨尔根移驻，初辖东至三姓副都统界，西至大兴安岭等广大地区，后有变更。呼伦贝尔副都统，雍正十年(1732)初置总管，乾隆八年(1743)改副都统衔总管，光绪七年(1881)进升为副都统。驻海拉尔河左岸,初无城郭,渐为集镇，管辖东至大兴安岭、西至额尔古纳河、南至布雨尔（贝尔）湖等广大地方的达呼尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、陈八尔虎等八旗军民事务。康熙三十年初，布特哈（满语为“打牲”之意，即打牲部落的总称）设满洲总管一员，索伦（鄂温克）、达斡尔总管二员。衙署设齐齐哈尔城北驻嫩江西岸宜卧奇屯(今莫力达瓦旗乌尔科乡)。光绪朝前辖地错布于黑龙江、墨尔根、齐齐哈尔三城副都统辖境内。布特哈专辖牲丁,凡“牲丁所至之地,皆布特哈总管应巡查之地”;光绪后“六城分地,稍有分界”。光绪二十年总管升副都统。此外，为了镇摄节制呼兰、巴彦、北团林（今绥化）三路，光绪五年又置呼兰副都统，驻呼兰城。八年为招抚游猎鄂伦春人，在齐齐哈尔东北五百八十余里内兴安岭上建城，置兴安副都统衔总管一员。光绪二十四年，设通肯副都统，驻海伦城。至清末黑龙江将军所辖有黑龙江（瑷珲）、墨尔根、齐齐哈尔、呼兰、布特哈、呼伦贝尔和通肯等七副都统及兴安城副都统衔总管。黑龙江行政区划设置较晚。咸丰后因内地汉族移民大增，同治二年(1863)于呼兰河流域设理事同知厅。三年移住巴彦苏苏，管理呼兰所属境域赋课刑名及交涉事件，为黑龙江民政设制之始。光绪八年于北田林子（今绥化）设绥化厅。光绪三十年又于通肯海伦河垦区置海伦厅；呼兰厅移治呼兰城升府，绥化厅亦升府，巴彦改州,于扎赉特旗莫勒红岗子垦地置大赉厅;以及兰西、木兰、青冈、余庆等设县。次年又于齐齐哈尔置黑水厅,于郭尔罗斯后旗垦地置肇州厅，杜尔伯特蒙族垦地置安达厅，并设拜泉、汤原、大通三县。是年裁呼兰、通肯副都统，添设绥兰海分巡兵备道，驻绥化。至光绪三十三年裁将军，建行省；置巡抚，相继改设行政官制，于是行政区域体系日趋完善。光绪三十四年海伦厅升府，领青冈、拜泉二县。黑水厅升龙江府。同年，墨尔根以城改置嫩江府，又于大黑河置黑河府，黑龙江城改置瑷珲直隶厅，呼伦贝尔城改置呼伦直隶厅，满洲里设胪膑府。宣统元年(1909)又设呼伦兵备道，驻呼伦厅，辖呼伦厅与胪膑府；设瑷珲兵备道，驻瑷珲厅，辖瑷珲厅与黑河府。另光绪三十二年移绥化城之绥兰海道驻内兴安岭东，更名兴安兵备道，专办垦务、林矿等事宜。三十四年建署于托罗山北，为道治，领汤原、大通二县。宣统二年又于东布特哈设讷河直隶厅。
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